Второй сезон полностью наследует первому: Такаси Нацумэ по-прежнему живет в доме семьи Фудзивара, по-прежнему видит духов и по-прежнему оберегаем Нянко-сэнсеем. Сменяются сезоны, новые и новые призраки обращаются к нему за своими плененными именами или за той помощью, которую юный духовидец способен оказать ёкаям или уездным божкам.

Такаси Нацумэ, с виду тихий и абсолютно безобидный десятиклассник, продолжает учиться жизни, исправляя ошибки своей бабушки, великой волшебницы Рэйко. Будучи природным магом и сильным медиумом, Такаси, даже оставшись сиротой, не стал замыкаться в своей «инакости» и отворачиваться от людей, стремясь самоутвердиться в мире духов. Вместо этого он по мере сил живет в обоих мирах, все так же помогая людям и возвращая духам-аякаси их имена, отобранные Рэйко и записанные в Тетрадь дружбы.

Неудивительно, что большинство знакомых и одноклассников считают Нацумэ милым, но странным парнем. Неудивительно, что многие обитатели незримого мира считают его живым святым - из тех, что когда-то во множестве ходили по грешной земле. Удивительно, что у главного героя хватает мужества и терпения следовать выбранным тернистым путем. Впрочем, минуты покоя, счастья и понимания – немалая награда за верность своему выбору. Сейчас Нацумэ идет вперед уже не один, и это гарантия того, что хитроумному Нянко-сэнсэю Тетрадь дружбы все равно не достанется!

Юному Такаси Нацумэ по наследству досталась Тетрадь дружбы, куда его бабушка, великая волшебница Рэйко, заносила имена духов-ёкай, побежденных в поединке и давших клятву подчинения. Такаси, с раннего детства видевшему незримый мир, пришлось нелегко, но он лучше распорядился своим даром. Даже потеряв родителей, мальчик не озлобился, не объявил себя избранным, не пытался кому-то отомстить. Он стал помогать духам, освобождая их от заклятия Тетради, и, с другой стороны, решил не отворачиваться от людей, стараясь вести себя, как обычный школьник. Жить так оказалось трудно, но можно.

Подходит к концу старшая школа, и становится ясно, что решимость героя принесла свои плоды. Вокруг появились друзья – часть из них знает Такаси как нормального, хоть и тихого парня, а самым близким, способным понять, он доверил свою главную тайну. После многих славных дел имя Нацумэ стало широко известно в магическом мире – и, увы, привлекло внимание серьезных игроков. Что среди людей-магов, что среди духов хватает тех, кто желает возвыситься за счет других, разумеется, с самыми «благородными» целями. Куда ведут благие намерения, мы знаем, а что будут делать Нацумэ и его друзья – скоро увидим!